Mallorca, que cuenta con 550.849 habitantes de derecho, solo dispone de un centro hospitalario, Son Dureta. Teniendo en cuenta esta circunstancia, el Plan de ordenación sanitaria de la Comunidad Autónoma de las Islas Baleares establece la necesidad de construir tres nuevos hospitales, ubicados en Manacor, Inca y Palma.

El Ministerio de Sanidad y Consumo decide la construcción del segundo hospital de Palma a fin de paliar la insuficiente estructura hospitalaria y atender las necesidades de la población de Mallorca. Ese mismo año se crea la Comisión de Planificación, que se ocupa de elaborar el programa funcional del futuro hospital.

Se inician las obras. Dos años después, la Comunidad Autónoma de las Islas Baleares y el Ministerio de Sanidad y Consumo suscriben el protocolo de colaboración, cuyo artículo 5 señala que deben promoverse las actuaciones para dotar a Son Llàtzer de personalidad jurídica propia y autonomía de gestión bajo el modelo que se considere más idóneo.

Al amparo de la Ley de fundaciones y de incentivos fiscales a la participación privada en actividades de interés general, en junio de 2001 se constituye la Fundación Hospital Son Llàtzer como nueva forma de gestión. En diciembre del mismo año, Celia Villalobos, entonces al frente del Ministerio de Sanidad y Consumo, inaugura oficialmente el hospital.

Tras las transferencias sanitarias a la comunidad autónoma, el Hospital Son Llàtzer pasa a depender del Gobierno de las Islas Baleares.