Mallorca, que compta amb 550.849 habitants de dret, només disposa d’un centre hospitalari, Son Dureta. Tenint en compte aquesta circumstància, el Pla d’ordenació sanitària de la Comunitat Autònoma de les Illes Balears estableix la necessitat de construir tres nous hospitals, situats a Manacor, Inca i Palma.

El Ministeri de Sanitat i Consum decideix la construcció del segon hospital de Palma per tal de pal•liar la insuficient estructura hospitalària i atendre les necessitats de la població de Mallorca. Aquest mateix any es crea la Comissió de Planificació, que s’ocupa d’elaborar el programa funcional del futur hospital.

Se n’inicien les obres. Dos anys després, la Comunitat Autònoma de les Illes Balears i el Ministeri de Sanitat i Consum subscriuen el protocol de col•laboració, l’article 5 del qual assenyala que s’han de promoure les actuacions per dotar Son Llàtzer de personalitat jurídica pròpia i autonomia de gestió sota el model que es consideri més idoni.

A l’empara de la Llei de fundacions i d’incentius fiscals a la participació privada en activitats d’interès general, el juny de 2001 es constitueix la Fundació Hospital Son Llàtzer com a nova forma de gestió. El desembre del mateix any, Celia Villalobos, aleshores al capdavant del Ministeri de Sanitat i Consum, inaugura oficialment l’hospital.

Després de les transferències sanitàries a la comunitat autònoma, l’Hospital Son Llàtzer passa a dependre del Govern de les Illes Balears.